这所学校的办学特色可以从几个层面来看。
最核心的是教学理念。学校现在推行的是"大概念、大单元、大情境、大任务、大思维"这"五大"理念，简单说就是不要让学生死记零散知识点，要抓住学科核心概念，把知识整合成大的单元模块，放到真实情境里去解决问题。课堂模式叫"睿思课堂"，十六个字：目标精准、情境设置、问题探究、思维导学。这套教学体系不是学校自己关起门来搞的，2025年10月《中国教育报》还专门发了学校总校长唐才畏的署名文章介绍这套做法。
课程体系是第二个特色。"恒睿课程"体系像一个立交桥：国家课程是主干道保证基础，地方课程带学生走进陕西历史文化和高校实验室，校本课程超市200多门选修课给学生个性化发展。还有一个"C9学院"，专门做拔尖创新人才早期培养。
第三个特色是全寄宿制下的"大德育"。学校把德育做成了"六个学会"的课程体系，从学会做人到学会创新，每个都有基础性、发展性、实践性三个层次的课程。依托全寄宿的优势，从任课教师到生活老师到后勤职工，人人都是德育导师，从课堂到宿舍到餐厅到处都是育人场景。
第四个特色是黄冈教育基因。学校跟湖北黄冈中学有持续的教研合作，把黄冈的教学方法、备考经验引进来，同时跟陕西本地的教研机构对接，2023年底还成立了自己的教育科学研究院。